另一方面,正当守城官兵屈于边关兵马的威势而不得不开城门之时,玛尔赛突然倒戈背叛了鳌拜,将边关将领刺死,同时索额图带兵攻入紫禁城,与纳尔杜等人展开激战。此举令鳌拜也是大感意外,但事已至此无法回头的鳌拜不得不背水一战,意欲擒下玄烨,由此与玄烨曹寅及众布库展开了殊死一战。危急时刻,一旁的遏必隆使出致命一击,毫无防备的鳌拜顿时败于下风,不得不束手就擒。玄烨终于完全制服了鳌拜,至此,才开始了真正亲政的日子,手中牢牢掌握住了大权。总揽大权后的玄烨励精图志,制定了不少政策措施,同时还为明史案,天算案,圈地案及苏克萨哈平反。在乾清宫中,玄烨更是将河务、漕运、三藩视为三件头等重要的大事,写于柱子之上。聚忠作为玄烨的军师兼好友也是尽心尽力辅佐玄烨。此时,三藩之一的平南王尚可喜上奏请求撤藩,引起聚忠的忌虑,玄烨对此避而不谈。事实上,玄烨一直与安亲王秘密商议撤藩之事。玄烨在第二日早朝之时宣布答应尚可喜的撤藩请求,令朝中大臣们议论纷纷。此时得知消息的吴三桂和耿精忠也上奏请求撤藩。擒鳌拜事之后的遏必隆被贬官,落魄之时受到玄烨的格外关切,还与皇帝赌了起来,但却意外地于当夜猝死。