2029年3月某日,某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵,众多本国使节及其同侪眷属沦为人质,事态十万火急。草薙素子(坂本真绫配音)召集巴特(松田健一郎配音)、陀古萨(新垣樽助配音)等得力属下,并制定了缜密的营救方案。谁知当一切都墨守成规停止之时,不测突然发作。与此同时,距离大使馆不远的一座摩天大楼内,日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀,素子之前的下属陆军501机关的机关长库露兹(浅野麻由美饰)也在爆炸中丧生。经过缜密清查,素子等人发现一种可以窜改记忆的病毒正在网络蔓延,而她的身世居然和一连串的事情有着亲密联络。危机以后,阴谋悄然复出水面……本片依据士郎正宗的同名原作改编,系《攻壳机动队》降生25周年纪念作品。