第二集中,尼奥(基努·里维斯KeanuReeves饰)没有能从外部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于苏醒,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个中央由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰)等人知道了尼奥的状况,在守护天使的率领下,找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。 此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所无机甲战士展开顽强的抵抗,情势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克制重重困难,抵达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的战争。 在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗...