这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集,影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔,当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多(艾瑞克·斯托罗兹EricStoltz饰),由巴托工业的老总巴托先生(约翰·盖兹JohnGetz饰)抚养。巴托先生亲密监视着马丁的一举一动,外表上把马丁视如己出,实则却把他当作研讨对象,暗地里用摄像机记载下他一切的生活进程,让马丁研讨他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气,无异于常人,除了的惊人的生长速度和超人的天资才干。不久,马丁就与美丽的贝斯·洛根(达芙妮·祖尼加DaphneZuniga饰)坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然清醒,等候马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐惧凶讯。