曾经,一个高度兴隆的先进种族Ancient以地球为基地,几百万年前,不知什么缘由,他们分开地球去了某地,在南极只留下一个前哨站在Jack O'Neill将军用前哨站的一种Ancient武器消灭前来攻击地域的Goa'uld人的舰队之後,各国协作树立了南极联盟,为研讨前哨站里的Ancient科技、促进国际协作与战争而共同努力。在研讨进程中,他们发现了Ancient分开地球后所去的中央——飞马座星系。于是,为了挖掘被湮没的历史、探求未知的世界,各国组建了亚特兰蒂斯探险团队,经过星际之门抵达了几百万年前从地球飞走的亚特兰蒂斯城。 但不幸的是,地球人的到来惊醒了一群统治飞马座星系的怪物——Wraith,他们技术先进、体魄强壮,性情粗野严酷,不讲信义,而且以人类为牲畜,吸人生命。一万年前他们打败了Ancient并迫使其逃回地球,而探险队也发现了一个惊人的事实:Wraith是Ancient实验的产物!为了统一弱小的Wraith,亚特兰蒂斯的小分队不得不探求飞马座星系诸星球,与飞马的原住民联络,试图找到抵御Wraith的方法,阅历了一次次险象环生的旅程。