在风景秀丽,气候恼人的王冠市,行将举行神奇宝贝足篮世界杯竞赛,届时,大批的观众和训练师会涌入此处,整个城市将会堕入一片欢乐的陆地之中小智(松本梨香 配音)一行人正在前往王冠市的路上,旅途中,他们遇见了名为索罗亚的微妙神奇宝贝,它不只可以幻化成人类的姿态,还可以经过心电感应和人类交流。 小智和索罗亚结伴前行,哪知道王冠市居然发作了神奇宝贝暴动事情,雷公、炎帝和水君本是城市的守护神,却不知为何向市民们发起了进攻,城市之中一片混乱现象。这一切的始作俑者是名为克林克斯(阵内孝则 配音)的企业家,而他亦是索罗亚想要寻觅的同伴。