1991年,香港黑帮龙头倪坤被杀,倪氏家族旗下五大头目中除韩琛(曾志伟)外,均乘机背叛发难,不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝(吴镇宇)不费一兵一卒牵制,此举引来重案祖督察黄志诚(黄秋生)的戒心,使其派出警校先生陈永仁(余文乐)渗入倪家停止临时的卧底任务,而韩琛为了稳固权利,早在警察外部安插了线人刘建明(陈冠希)。三年后,事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧,决意将五大头目一举歼灭,却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。 1997年,大难不死的韩琛重出江湖,为替死去的同事报仇,黄志诚找到他商议协作除掉倪永孝的事宜,不久却发现此举铸成大错,而各自为自己的为难身份苦恼的陈永仁和刘建明,则在无间道的路上越行越远。