黑旗军和五花部落的族人终于和解,士兵们大口喝酒大口吃肉,这时,黄飞鸿坚定地走过来,斩钉截铁地告诉大家,自己要加入黑旗军。战役一触即发,因为建立了炮台,黑旗军占领了优势地带,把日本人轰炸得落花流水,刘永福在紧急关头把一项重大任务交给黄飞鸿去做,但是黄飞鸿还是无法走出阴影,自己最爱的女人都是日本间谍,又如何判断谁是好人,谁是坏人。刘永福看见黄飞鸿如此怯懦,便声嘶力竭地鼓励他,日本人马上就要登岛了,如果黄飞鸿再犹豫不决,同胞们就要死伤无数。于是,在刘永福的说服下,黄飞鸿开始带领众人练习功夫,强身健体。闲暇时刻,阿妹带着黄飞鸿来欣赏鸢尾花,黄飞鸿不由得又回忆起了岑慧慧,心神不宁。阿妹似乎没有察觉,继续介绍着美丽的五色花,这也是五花部落名字的来源,还有一个美丽凄惨的爱情故事。黄飞鸿恍恍惚惚地听着故事,心里总是无法忘记慧慧,只能有一搭没一搭地回答阿妹的话。另一边,黄麒英在思念着儿子,十三姨躲在一边看着黄麒英,心里也很不是滋味。第二天,十三姨独自在海边惆怅,她希望能在茫茫大海中找到许愿石,牙擦苏不想让十三姨继续牵挂,便计上心来,安排了一出黄飞鸿赌博赢钱,又抛妻弃子的戏码,希望十三姨能认识到黄飞鸿的“真面目”。十三姨根本不相信牙擦苏的话,夺门而出,正好识破了牙擦苏的计谋,她怒气冲冲地与牙擦苏大吵一架,不欢而散。1895年,日军对台湾岛大规模炮轰,战况愈演愈烈,黑旗军和五花部落的族民奋力抗争,可日军的炮弹把神树炸伤了,刘永福担心族民会找麻烦,赶紧命令属下隐瞒消息。阿妹走到树下,十分虔诚地跪下,每年春天,神树都会开花,如果神树不开花,就会有大灾难了。但是,神树受伤的消息被传开了,族民们认为阿妹是罪魁祸首,打算烧死她,黄飞鸿赶紧带着士兵来救人。关键时刻,阿妹制止大家的冲突,她愿意主动承担罪责,黄飞鸿挺身而出,他准备替阿妹去死。阿妹也表白心迹,说出了对黄飞鸿的爱意。于是,按照部落规矩,黄飞鸿要接受五花箭神的考验。阿妹举起弓箭,准备射向黄飞鸿,如果黄飞鸿大难不死,那便是彼此的缘分。黄飞鸿闭上眼睛,坦然面对,阿妹忍痛射出了箭,三支箭射出后,黄飞鸿已经口吐鲜血,无法站立起来,但是,在族民的支持下,在阿妹的爱情鼓励下,黄飞鸿毅然决然地站了起来,通过了考验。十三姨在大晚上来找牙擦苏,希望他能帮助自己套取日本人的情报,可是,好不容易抓捕到的日本人都死了。十三姨大吃一惊,这些日本间谍早就被抓了,也没有自杀的迹象,为何现在突然死亡了呢。原来,她们是被樱花夫人杀死的,而樱花夫人其实是个日本男人。这天晚上,黑旗军得知朝廷签订了马关条约,大家义愤填膺,士兵们还在用生命战斗,可朝廷竟然认输了。这是多么丧权辱国的条约啊。刘永福大声鼓励士兵,只要黑旗军的旗帜立在台湾岛,就会奋战到底。大家决定跟随黑旗军战争到底。