主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探,在目击黑衣组织的地下买卖后,预备追踪时却被黑衣人琴酒袭昏,并被灌下代号为“APTX4869”(アポトキシン4869)的不明药物后来虽然幸免于死,但身体就此增加为小学时期的容貌。之后他化名为江户川柯南,在好友阿笠博士的建议下,寄住在两小无猜毛利兰的父亲-蹩脚侦探毛利小五郎家中,继续秘密从事清查黑暗组织的任务,并私下探寻取得解药的管道,希望可以恢恢复来新一的样貌。与此同时,柯南凭著自己的推理天份,配合阿笠博士为他发明的道具,协助毛利小五郎成为知名的大侦探。故事内容当中交叉许多爱情、友谊、立功、背叛、复仇等情节。