明宪宗年间,宦官弄权,滥杀贤臣.侠客周淮安(李连杰饰)在营救忠良举动中,终将罪不容诛的东厂提督曹少钦一剑毙命,引来西厂督主雨化田(陈坤饰)祭出天下格杀令.周淮安等人一路亡命到嘉峪关的龙门,消逝於漫山遍野的黑沙暴中.尘销风散后,西厂密探,鞑靼商队等江湖各路人马,再度投宿於龙门客栈这家大漠黑店.三年前曾毁於大火的龙门客栈里,当年的风骚老板娘金镶玉早已奥秘失踪,只剩逃过火劫的夥计们重起炉灶,痴等老板娘回来.简直被世人遗忘的边关客栈,再次因缘际会地风起云涌:奥秘剑客胡中玉的容貌,为何与雨化田如此相似对客栈密道了若指掌的吹笛女子凌雁秋(周迅饰),难道就是金镶玉自己就在由雨化田亲率的西厂追兵赶来之际,地平线突刮起数条龙卷奇风,周淮安横空飞出,欲与雨化田一决生死.大漠风烟间,一场天地变色的正邪之战,行将展开