2004年,陈永仁(梁朝伟饰)被杀后两年,刘建明(刘德华饰)被警队外部调查,架空职权,被派有关重要的庶务任务。与妻子MARY的婚姻分裂,连与一岁女儿见面的时机也没有。身心俱疲的刘建明,每日的生活虽像走向天堂一样,但他置信坚持就会改动局面。这时,年轻警司杨锦荣(黎明饰)凭着一页页丰功伟绩,以不到四十之龄,正迈向警队最高层;刘建明看在眼里,似乎看见以前的自己。一次机缘,刘建明与杨锦荣结为好友,却发现杨锦荣奥秘的一面,他推测杨锦荣能够和自己一样,都是黑帮派入警队的卧底。决议重新做人的刘建明暗中清查杨锦荣身世之谜,千辛万苦找到一个又一个证据,可是每次最接近真相的时分,总是前功尽弃,还引来警队高层对刘建明的极度不满。渐渐,刘建明觉得杨锦荣基本毫无可疑,渐渐末尾疑心自己。2001年,陈永仁跟随韩琛(曾志伟饰)已有两年时间,可是韩琛基本历来不会随便置信任何人,只派一些鸡毛蒜皮的任务给他。为了失掉信任,陈永仁不惜以身试法,下属黄志诚(黄秋生饰)觉察他已渐失控,想方设法要拉陈永仁出局,两人之间势成水火。陈永仁也渐渐迷失了自己,直至遇上李心儿(陈慧琳饰)。由于一次严重的暴力罪行,陈永仁被判停止心思辅导,在催眠治疗时期,陈永仁梦中泄露了真正身份,李心儿无可置疑间,对陈永仁发作了兴味。韩琛又派下一个义务,陈永仁知这是最后一个时机,为了失掉韩琛最终的信任,陈永仁决议背叛黄SIR,大开杀戒。