该影片描述郭靖与黄蓉由结识至婚事节外生枝那一段故事。期间,亦有郭靖与欧阳克的恩怨,以及杨康认贼作父的经过。剧情承接上集,话说郭靖与黄蓉来到桃花岛,西毒已带侄儿欧阳克来向黄蓉求婚,黄药师以考试选婿,郭靖获胜得娶黄蓉为妻;但老顽童突说郭靖早知九阴真经一事,黄药师大怒,将郭靖等人赶出桃花岛;黄蓉追踪下,错落欧阳锋的船上……结局是黄蓉在轩辕台丐帮大会揭穿杨康的阴谋,与郭靖一起前往铁掌山探寻武穆遗书。本片剧情以原著故事为主干,主要讲述南帝与瑛姑的渊源。承接上集,丐帮君山大会后,郭靖和黄蓉为探寻武穆遗书而前往铁掌山。然而在探访中黄蓉不幸遭铁掌帮帮主裘千仞所伤,幸得隐居于黑泥沼的瑛姑指导,两人逐前往南帝段智兴处求医。在通过座下弟子的考验后,两人终见到南帝,始知本来其因后宫变故,悔伤前衍,而出家为僧,法号“一灯”。郭靖黄蓉两人得知前因后果后,决心助一灯大师抵抗瑛姑来袭。最后瑛姑得知其杀子仇人就是铁掌帮帮主裘千仞,集众人之力终将铁掌帮权势消灭。