日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生,某日,她偶然经过家中神社的枯井离开了500年前的战国时代。时狼烟四起,妖怪横行,人世大地水深炽热。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前,意欲变成真正妖怪的犬夜叉,为了失掉四魂之玉结识拥有弱小灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处,两人之间发生了感情。犬夜叉因此希望变成人类,而桔梗也计划在污染完四魂之玉后过回普通人的生活。但是,对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪,继而转生变成罪恶的半妖奈落。在他的一番挑唆下,犬夜叉被桔梗封印在神木之上,重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。桔梗转生的戈薇挽救了犬夜叉,却不慎将四魂之玉射成碎片。为了找回碎片,她和犬夜叉以及随后遇到的同伴:七宝、弥勒、珊瑚踏上了充溢困难险阻的旅途……