故事延续上一集的剧情,机械大军正在集中全力预备入侵隐藏在地底的人类最后都市锡安,另一方面,锡安的人民置信莫斐斯找到的这个救世主尼欧将会应验祭师的预言,终止人类与机器之间的战争,但是却没有人知道,这位救世主正被他自己的梦境所苦恼母体发现人类最后的堡垒城市锡安原来藏在接近地球中心的深处,而人类只剩七十二小时能阻止几千艘状似乌贼的巡查舰大举进攻。他们的独一希望就是找到一名被称为“关键人物”的微妙人物,而他则是遭到一对耍弹簧刀的大 坏 蛋“双胞胎”看守,这对白子双胞胎杀手拥有如鬼魂般的隐形才干。 肩负维系人类存亡的重要义务,尼欧将会遇到更大的阻遏与迂回,他想象不到的命运选择也阻遏在他的面前。一切正如先知所说的,你不是来这里做选择,你早曾经作出选择了,你只是来这里了解自己为何会做出这样的决议。 万一他选错了呢?……