曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争那场战争终结后过了大约300年。 地球圈失掉了至今为止的统治机构,在新的支配体系下,新世界被构筑起来。一时的战争到来,与此同时,远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。 主人公——少年三日月·奥古斯,从所属的官方警备公司克律塞安保公司(下称CGS)那里,接受了方案让在地球权益统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫义务。但,CGS遭到摘取叛变之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击,于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤离了。少年们的首领,奥尔加·伊兹卡以为这是个机遇,并决议对优待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加拜托击退加拉尔霍恩的三日月,运用被当做CGS动力炉来运用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯,向敌军发起应战。