被人类用基因手艺克隆出来的最强宠物小精灵超梦(市村正亲 配音)带着对自我身份的疑惑和对人类弱小的愤慨逃离了科研所,它公布要对制作出本人的人类住手复仇。 已经掉掉了八个勋章的小智(松本梨喷鼻 配音),以成为宠物小精灵练习大师为目标而不时的旅游,他带着皮卡丘(大谷育江 配音)和伙伴小霞(饭冢雅弓 配音)小刚(上田佑司 配音)刚终了了和练习家的对战,接着收到了一封奥秘人的约请函,约请他们介进世上最强的小精灵练习家的宴会。地址是新岛宠物小精灵城,这是最强练习家的约请。他们很坦直的允许了,小智一行人穿过了暴风骤雨的海岸毕竟抵达了新岛。一位叫乔伊的医生带领他们分开了宠物小精灵城,引见最强的宠物小精灵练习家出场。没想到出如今同伙们眼前的居然是超梦。超梦的报复毕竟是什么呢,一场大战行将末尾......