工藤新一是全国著名的高中生侦察,在一次清查黑衣人建功团伙时不幸被团伙成员发明,击晕后喂了神奇的药水,工藤新一变回了小孩!新一找到了时常辅佐他的阿笠博士,博士为他度身打造不少特务武器。为了避免建功团伙对他住手报复,新一决定隐姓埋名,阴郁清查他们,停整理能掉掉解药。一日,新一的女友毛利兰分开了阿笠博士的家寻觅男朋友的下落,被小兰撞见的新一情急之下假造了本人名叫江户川柯南,随后柯南客居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一位私人侦察,新一可以籍着和他一同四出办案一同清查黑夜人的下落。柯南在小学观念步美等小师长,他们一同构造了一个少年侦察对,向罪犯宣战!