这是一段攻壳机动队成立前夕不为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天,附属陆军秘密部队501机关的真室中佐(宫内敦士配音)在闹市街头被人杀害,此前他曾堕入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身,他对死亡面前自然隐藏着有数谜团。阴雨之夜,试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅(塾一久配音)与生化人草薙素子(坂本真绫配音)在真室中佐的墓地初次相遇。此时草薙还只是501机关担任网络立功清查的军人,此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害面前的真相。谁知,棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后,她遭到荒卷委托展开调查,并在一连串凶险清查的进程中与前特种部队成员巴特(松田健一郎配音)和时为新滨县刑警的陀古萨(新垣樽助配音)邂逅。虚无缥缈的案情,草薙一行被引向未知的彼方……本片依据士郎正宗的原作改编。