1937年,日军入侵南京,烽烟中,六朝古都化为废墟,众多中国军民被困城中。一支十数人的国军德械教诲队余部在长官李教官(佟大为饰)指挥下,从日军手中救出了一批教会学校女先生,而李教官等人,至此丧失了出城的时机。幸免于难的书娟(张歆怡饰)等先生前往文彻斯特教堂,随她们一同离开的,还有受雇远道至此收敛神父遗体的美国人约翰·米勒(克里斯蒂安·贝尔ChristianBale饰)。此时的南京城中,逃难的人们蜂拥进平安区和教堂寻觅庇护,十四名风尘女子强行进入教堂避难,其中知晓英语的玉墨(倪妮饰)希望借助约翰的身份为一行人提供更多维护。教堂的墙壁,并不能阻挠日军的铁蹄,教堂内的人们,将面临孰生孰死的选择……