某日,小新(矢岛晶子 配音)在河堤上捡到了一瓶巧妙的液体,把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢(楢桥美纪 配音)和广志(藤原启治 配音)在有意之中将其喝下,隔天居然变异成为了植物。 之后,一个巧妙的环保组织SKBE掳走了小新一家人,而为首的,居然是双叶里的里长四膳守(山寺宏一 配音)。原来,四膳首是一位保守的环保主义着,妄图经过一种巧妙的药物将破坏环境的人类全部都变成植物,而小新捡到的巧妙液体就是还尚处于测试阶段的药物,四膳守预备将美伢和广志当做实验对象中止研讨。在巧妙女子维多利亚(后藤邑子 配音)的协助下,小新一行人成功出逃,他们和春日部防卫队一同,决计破解四膳守的阴谋。