立志成为出色的神奇宝贝训练师,小智、小遥和小胜,带着皮卡丘展开了新旅程为了观看千年彗星出现的刹那,分开恩斯游乐场,看法魔术师巴特勒与黛安。在魔术扮演中,小胜听到一阵纤细的呼唤声…那是在“沉眠之茧”中醒悟了千年,可协助人们达成愿望的神奇宝贝─基拉祈。在千年彗星出现的夜晚,假定遇上了拥有纯真心灵的同伴便会清醒。为了让基拉祈醒来,巴特勒请小胜当基拉祈的同伴,果真,基拉祈从万花镜般的光芒中清醒过去。虽然基拉祈只能停留耐久的7日后便会消逝,但是还没有属于自己的神奇宝贝的小胜,对基拉祈却十分溺爱。充溢野心的魔术师巴特勒,由于知道基拉祈拥有神奇的力气,便把基拉祈给抢走,并且想运用他来完成愿望,不怀好意的巴特勒,他的愿望是什么呢?小智与小胜要如何抑制困难,成功救出同伴呢?小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢?