日本室町时代中叶,当权的幕府威信锐减野心勃勃的醍醐景光(中井贵一饰),为了成就霸业,而将尚未出生的儿子百鬼丸献祭给48个魔神,他和妖怪定下商定,取走了包括眼、耳、口、鼻等在内的48个器官。 一出生就缺少器官部位的百鬼丸,被抛入河中,后来为医生育父(原田芳雄饰)所救,替他制造了义眼、义肢等补足了身上缺失,并命名为百鬼丸(妻夫木聪饰),抚养他长大。为了摆脱自己被诅咒的命运,夺回身体的每一个局部,百鬼丸向占有自己器官的48个魔神宣战,离家踏上征战之旅。 在寻觅魔神的旅途上,百鬼丸遇到了自称“侠盗”的多罗罗(柴崎幸饰),为了失掉百鬼丸手中的宝剑,多罗罗跟随他一同踏上旅程。