2125年,为了寻觅新的动力(人口爆炸到一百来亿了),太阳系开发机构决定推动“木星太阳化方案”,定于2140年实现这一方案。驻扎在前方基地“米涅瓦”的方案主任本田英二(三浦友和)就在这时分与掉掉联络多年的恋人马利亚重逢了,可是他不知道的是,玛丽亚是旨在破损这一方案的极端环保构造“木星教团”的破损小组组长!在宇宙言语学家威廉姆的辅佐下,英二乘坐木星探查艇“JADE-III”探看了数万年前来访的宇宙人的飞船“木星之魂”。另一方面,英二的冤家PILOTKING和天文学家井上乘坐的宇宙船遇难,查询拜访的成果,是遭受黑洞而至!太阳系面临被黑洞吞噬的危急!措置危急的方式只有一个,经由引爆木星来修改黑洞的轨道(剧组在这个成果上花了很大的精力,甚至动用了计较机做考据和计较任务)。英二与基地内人员一同为搭救太阳系而全力的时分,玛利亚带人杀进了基地。。。。。