众多的太空,飞翔员约翰突遇意外事件,被宇航船抛出,陷入一个奇怪的星际轨道。他穿梭1000个星系达到了一个神秘的星球,那里漂浮着地球传说中遥远的“摩亚方舟”飞船,飞船里有来自差别星球的成员,他们都是无家可归的人。约翰决议参加他们,并率领各人寻找地球途径但他们未曾料到,众多的外星人和外星生物早已对地球航线虎视耽耽。在飞翔进程中,“摩亚”遇到了“宁静卫士”的追击,双方数次鏖战,在一次混战中,“宁静卫士”首脑克瑞斯痛失弟弟,起誓要用尽一切手腕将“摩亚”摧毁酿成一屡轻烟与此同时,“摩亚”水晶能量器突然失踪,约翰判断是内奸所为,决议展开除奸举动......经过多次交锋,“摩亚”破坏了克瑞斯诡计,逃诞生天。因核反映堆动力装置决裂。“摩亚”下降在西卡行星上进行紧迫维修。无意中,约翰发明了飞船上隐匿已久的危机和一个重大的诡计......约翰经过一次次战役的洗礼,逐渐成为一个真正的领袖,而“摩亚”也慢慢凑集了宏大的能量,击退了外星战舰的数次围攻,“摩亚”战士们一步步向地球前进......约翰终于找到了回地球的航线,并胜利下降到地球,然而,此时的地球已不再是他们心目中幻想的家园....