工藤新一是全国有名的高中生侦察,在一次追查黑衣人犯法团伙时不幸被团伙成员发明,击晕后喂了神奇的药水,工藤新一变回了小孩!新一找到了经常帮助 他的阿笠博士,博士为他度身打造不少间谍武器 。为了预防 犯法团伙对他进行抨击 ,新一决议隐姓埋名,暗中追查他们,盼望能得到解药。一日,新一的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落,被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南,随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦察,新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生,他们一起组织了一个少年侦察对,向罪犯宣战!