1943年 欧洲战场局势神秘莫测,卡特兰的异形军横行蛮横 ,不可一世,令世界笼罩在恐怖与死亡的阴影中。关键时刻,一群少女挺身而出,与邪魔军团展开殊死较量。这些少女被称为“魔法少女(Witch)”,自远古时代她们便出生入死 ,凭借深藏体内的魔力与种种 威胁人类存在的怪兽展开屠杀 。在魔法少女组成的机械化航空步兵的阻击下,异形军最终败退,而这群女孩也知难而退 ,散落世界各地。美丽少女宫藤芳佳(福圆美里 配音)即是其中的一员,战后她返回故乡扶桑皇国,以成为优秀的医师作为搏斗 目标。这一天,扶桑皇国海军学校一号生服部静夏(内田彩 配音)前来造访 ,邀请芳佳前往欧洲的威尼西亚公国留学。 身怀绝技的美丽魔法少女们从四面八方再次云集,欢乐玩笑之际,却不知贼心不死的异形军正悄悄迫近 ……