2004年,陈永仁(梁朝伟饰)被杀后两年,刘建明(刘德华饰)被警队内部调查,架空职权,被派无关重要的庶务工作。与妻子MARY的婚姻破裂,连与一岁女儿见面的机会也没有。身心俱疲的刘建明,每日的生活虽像走向地狱一样,但他相信坚持就会扭转局面。这时,年轻警司杨锦荣(黎明饰)凭着一页页丰功伟绩,以不到四十之龄,正迈向警队最高层;刘建明看在眼里,好像看见以前的自己。一次机缘,刘建明与杨锦荣结为好友,却发现杨锦荣神秘的一面,他推测杨锦荣可能和自己一样,都是黑帮派入警队的卧底。决定重新做人的刘建明暗中追查杨锦荣身世之谜,千辛万苦找到一个又一个证据,可是每次最接近真相的时候,总是功亏一篑,还引来警队高层对刘建明的极度不满。渐渐,刘建明觉得杨锦荣根本毫无可疑,渐渐开始怀疑自己。2001年,陈永仁跟随韩琛(曾志伟饰)已有两年时间,可是韩琛根本从来不会轻易相信任何人,只派一些鸡毛蒜皮的工作给他。为了得到信任,陈永仁不惜以身试法,上司黄志诚(黄秋生饰)发觉他已渐失控,千方百计要拉陈永仁出局,两人之间势成水火。陈永仁也渐渐迷失了自己,直至遇上李心儿(陈慧琳饰)。因为一次严重的暴力罪行,陈永仁被判进行心理辅导,在催眠治疗期间,陈永仁梦中泄露了真正身份,李心儿半信半疑间,对陈永仁发生了兴趣。韩琛又派下一个任务,陈永仁知这是最后一个机会,为了得到韩琛最终的信任,陈永仁决定背叛黄SIR,大开杀戒。