一颗陨石坠落到地球的陆地中,形成海水蒸发,大片陆地消逝。地球的气候因此出现异常,人类的生活环境不时好转,地球上的树木茂盛,土地都变成了沙漠。更可怕的是,从那颗陨石中冒出了少量的外星生物异虫,它们有着弱小的力气,并末尾侵略人类的世界,让人类处在恐慌之中。为了对立外敌的入侵,人类组成杰特这个特殊武力组织,并且破费人力物力开收回了假面骑士系统。但是,一些杰特的成员因不满杰特的做法,而选择脱离组织,成立了一个新的组织——新杰特。杰特和新杰特抵触不时,在一次杰特与新杰特的对立中,一个奥秘的女子天道总司出现了,他拥有变身成为假面骑士甲斗王的弱小才干,但却不属于任何一个组织,这让交兵双方都感到十分惊讶。其真实这场纷争面前,有一个可怕的阴谋正在悄然地停止……