故事发作在日本的江户时代,一名微妙的女子出如今了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明桂的宠物伊丽莎白(高松信司 配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他们寻觅主人的下落。同时,银时(杉田智和)也遭到委托,寻觅四处作恶的红樱的下落。三人的线索集聚到了一艘空中飞艇上,由于远离警察的管辖范围,飞艇里的恶权益一手遮天。在那里,银时遇见了曾经的战友如今的对手高杉晋助(子安武人 配音),高杉正率领着自己的鬼兵队希图消灭江户。一面是悲天悯人的恐惧分子,一边是暴虐嗜血的妖刀红樱,身受重伤的银时可以平安遇险援救江户吗? 此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》,其中,在原作中未出场的真选组也将在故事中大显神通。