一年一度的七夕行将到来,东京、神奈、静冈、长野等地却接连发作六起连环杀人案,被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇特暗示。由于作案范围过大,各地警署探员纷繁聚到东京警署的专案组共同研讨案情,毛利小五郎也被约请参与,柯南则偷偷听取了会议的内容。会后,柯南有意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣,继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕举动中,柯南遇到假扮人质的Vermouth,得知近期一连串的杀人案件与存有组织外部人员资料的记忆卡有关。与此同时,潜入警察外部的特务偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹,新一的身份眼看被粉饰,庞大的风险正向他和身边的人急速袭来…