千年一次的彗星之夜里,愿望将会完成…… 立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜,带着皮卡丘展开了新的旅程为了观看千年彗星出现的刹那,分开恩斯游乐场,并看法魔术师巴特勒与戴安。在魔术扮演中,小胜听到一阵纤细的呼唤声… 那是在〝沉眠之茧〞中醒悟了千年,可协助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚,假定遇到拥有纯真心灵的同伴便会清醒。为了让基拉祈醒来,巴特勒请小胜当基拉祈的同伴,果真,基拉祈从万花镜般的光芒中清醒过去。 虽然基拉祈只能停留耐久的七日就会再消逝,但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜,对基拉祈却十分溺爱。充溢野心的魔术师巴特勒,由于知道基拉祈具有神奇的力气,便把基拉祈给抢走,并且想运用他来完成愿望。 不怀好意的巴特勒,他的愿望是什么呢?小智与小胜要如何抑制困难,成功救出同伴呢?小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢?