分开在两个世界的爱力克兄弟二人,应用各自的手腕实验着兄弟再会。 哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑,一场世界大战即将到来。无法在这个世界应用炼金术的爱德华,与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研讨火箭的科技,盼望借助火箭回到本来的世界。另一边的炼金术世界,弟弟阿尔冯斯修行炼金术,装扮宛若曾经的爱德华,与国度炼金术士们一起寻找找回哥哥的方式。 而暗地中,慕尼黑的一个神秘组织开端了寻找幻想国“香巴拉”的典礼,衔接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 兄弟二人的命运与两个世界的危机交错在一起,爱力克兄弟要面对前所未有的挑衅。