小智一行人依旧在无尽的旅途中前行着。某日,一个宏大的宝可梦突然从天而降,它的真身竟然是幻之宝可梦波尔凯尼恩!波尔凯尼恩生涯在偏僻的尼贝尔高原之上,在那里生涯着许多和它一样曾经遭到人类损害而对人类失去信赖的宝可梦们。而如今,波尔凯尼恩为何会呈现在此地?它毕竟想要做什么呢? 一道神奇的无形的锁链将小智和波尔凯尼恩牢牢的锁在了一起,无奈之下,波尔凯尼恩只得带着小智一起前往它的目标地阿佐特王国。在那里,贪婪而又邪恶的大臣贾维斯得到了可贵的人造宝可梦玛机雅娜,玛机雅娜所拥有的“魂心”暗藏着极为强盛的力气。贾维斯打算应用它的力气成为全部国度的统治者。